Sự khác biệt chính giữa khung và giàn giáo là khung không có khoảng trống trong khi giàn giáo bao gồm các khung và khoảng trống.
Giải trình tự bộ gen của sinh vật đa bào rất khó so với trình tự sắp xếp của sinh vật đơn bào. Giải trình tự toàn bộ bộ gen bằng shotgun là một kỹ thuật giải trình tự bộ gen dễ dàng và nhanh chóng cho các bộ gen đa bào. Nó là một phương pháp sắp xếp song song nhiều đoạn DNA chồng chéo lên nhau. Trong phương pháp này, các mảnh nhỏ được lắp ráp thành các mảnh lớn hơn và sau đó thành các đường viền lớn hơn bằng máy tính. Sau đó, các đường nét được lắp ráp thành giàn và cuối cùng thành nhiễm sắc thể. Do đó, contig là sự kéo dài liên tục của các trình tự nucleotide trong khi giàn giáo là một phần của bộ gen bao gồm các đường viền và khoảng trống. Cả khung và giàn đều là các trình tự gen được tái tạo lại.
Contig là gì?
Contig là một trình tự gen. Nó là một chuỗi liên tục kéo dài bao gồm các bazơ A, C, G và T. Nó được hình thành bằng cách ghép một số đoạn DNA nhỏ chồng lên nhau thành một chuỗi dài hơn. Nói một cách dễ hiểu, contig là một tập hợp của một tập hợp các đoạn trình tự. Tạo khung liên quan đến việc xác định các phân đoạn trình tự chồng chéo dựa trên các phương pháp liên kết và đối sánh chuỗi cục bộ để xác định các đầu chồng chéo của các trình tự.
Đường viền không có khe hở. Nó là một phần của giàn giáo. Các khung được liên kết với nhau khi tạo giàn giáo. Nó yêu cầu thông tin bổ sung về vị trí tương đối và hướng của các đường viền trong bộ gen. Các khoảng trống ngăn cách các đường viền trong một giàn giáo. Về cơ bản, lắp ráp contig là một bước quan trọng trong giải trình tự toàn bộ bộ gen của shotgun. Các đường viền được lắp ráp cuối cùng thành một trình tự bộ gen hoàn chỉnh. Việc lắp ráp khung thường yêu cầu sự hiểu biết của các thuật toán trong việc đối sánh chuỗi và căn chỉnh chuỗi.
Scaffold là gì?
Giàn giáo là một trình tự gen được tái tạo từ các bản sao súng ngắn toàn bộ bộ gen được giải trình tự cuối. Về mặt cấu trúc, một giàn giáo bao gồm các đường viền và khoảng trống. Do đó, giàn giáo được tạo ra bằng cách xâu chuỗi các khung lại với nhau và ngăn cách chúng bằng các khoảng trống. Việc tạo giàn cần thông tin về vị trí tương đối và hướng của các đường viền trong bộ gen. Việc lắp ráp súng ngắn toàn bộ bộ gen nhằm mục đích đại diện cho từng trình tự bộ gen trong một giàn giáo. Nhưng, nó không phải là hoàn toàn có thể. Do đó, một nhiễm sắc thể có thể được biểu thị bằng một số giá thể. Đôi khi các giàn giáo có thể chồng lên nhau. Hơn nữa, một số giàn giáo có thể được lọc ra trong quá trình lắp ráp.
Hình 02: Tổng quan về lắp ráp súng bắn toàn bộ gen
Chiều dài của khe hở giàn giáo không hiển thị chiều dài thực của nó. Nói chung, các khoảng trống được đặt tùy ý theo độ dài cố định nhất định. Do đó, những khoảng trống và sự không chắc chắn về độ dài của chúng tạo ra các vấn đề trong việc hiểu mối quan hệ không gian thực sự của các yếu tố chức năng trong bộ gen và mức độ thiếu thông tin thực tế. Đôi khi các khoảng trống thể hiện thông tin bộ gen bị thiếu.
Điểm giống nhau giữa Contig và Scaffold là gì?
- Khung và giàn là trình tự bộ gen bao gồm các trình tự nucleotide.
- Scaffolds bao gồm các đường viền và khoảng trống.
Sự khác biệt giữa Contig và Scaffold là gì?
Một contig là một chuỗi liên tục được ghép từ một tập hợp các đoạn chuỗi. Ngược lại, giàn giáo là một phần của trình tự bộ gen được tái tạo lại bằng cách xâu chuỗi các khung lại với nhau. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa contig và giàn giáo. Hơn nữa, các đường viền không có khoảng trống trong khi các đường viền trong giàn giáo được ngăn cách bởi các khoảng trống.
Bảng đồ họa thông tin dưới đây trình bày nhiều điểm khác biệt hơn giữa đường viền và khung hình.
Tóm tắt - Contig vs Scaffold
Cả khung và giàn đều là các trình tự nucleotide được tái tạo trong các dự án giải trình tự toàn bộ bộ gen. Contig là một chuỗi gen kéo dài liên tục chứa các gốc A, C, G và T mà không có khoảng trống. Giàn giáo là một trình tự bộ gen bao gồm các đường viền và khoảng trống. Do đó, các thành phần lắp ráp ngắn nhất là các đường viền trong khi giàn giáo là các tập hợp các đường viền. Cuối cùng, các giàn giáo được lắp ráp thành nhiễm sắc thể theo trình tự toàn bộ bộ gen. Vì vậy, điều này tóm tắt sự khác biệt giữa khung và giàn giáo.
