Sự khác biệt chính - RAPD vs RFLP
Dấu hiệu di truyền được sử dụng trong Sinh học phân tử để xác định các biến thể di truyền giữa các cá thể và loài. DNA đa hình khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD) và Đa hình độ dài đoạn giới hạn (RFLP) là hai dấu hiệu phân tử quan trọng thường được sử dụng trong các phòng thí nghiệm. RAPD được thực hiện với các đoạn mồi oligonucleotide ngắn và tùy ý, và nó dựa trên sự khuếch đại ngẫu nhiên của nhiều vị trí trong suốt DNA khuôn mẫu của sinh vật. RFLP được thực hiện với endonuclease giới hạn cụ thể, và nó dựa trên tính đa hình của các đoạn giới hạn kết quả và sự lai tạp. Sự khác biệt chính giữa RAPL và RFLP là RAPD là một loại kỹ thuật PCR được thực hiện mà không có kiến thức trình tự trước trong khi RFLP không liên quan đến PCR và yêu cầu kiến thức trình tự trước để thực hiện kỹ thuật.
RAPD là gì?
RAPD là một chỉ thị phân tử hữu ích trong sinh học phân tử. Đó là một kỹ thuật nhanh chóng và dễ dàng. RAPD có thể được định nghĩa là một phương pháp tạo ra trình tự DNA đa hình là kết quả của sự khuếch đại ngẫu nhiên nhiều vị trí của khuôn mẫu DNA đích. RAPD sử dụng các đoạn mồi oligonucleotide ngắn với trình tự tùy ý để khuếch đại PCR. Mồi được tổng hợp nhân tạo mà không cần biết trước về trình tự. Do đó, nó được coi là một kỹ thuật dễ dàng và hữu ích.
Các bước chính sau đây liên quan đến RAPD.
- Tách chiết DNA đích
- Khuếch đại nhiều vị trí của DNA đích bằng cách sử dụng các đoạn mồi được chọn ngẫu nhiên
- Điện di trên gel của sản phẩm PCR khuếch đại
- Nhuộm bằng ethidium bromide và xác định tính đa hình
Do sự thay đổi trong quá trình ủ mồi, các đoạn khác nhau với độ dài khác nhau được tạo ra trong quá trình khuếch đại. Do đó, các mô hình dải trên gel là khác nhau giữa các cá thể và loài. Do đó, RAPD cho phép phát hiện sự biến đổi di truyền giữa các sinh vật trong việc xác định và phân biệt.
RAPD được áp dụng trong các nghiên cứu khác nhau về sinh học phân tử như xác định sự khác biệt di truyền giữa các loài có quan hệ họ hàng gần, lập bản đồ gen, lấy dấu vân tay DNA, xác định các bệnh di truyền, v.v.
Hình 01: RAPD
RFLP là gì?
Giới hạn Độ dài Phân mảnh Đa hình (RFLPs) là một chỉ thị phân tử được sử dụng trong sinh học phân tử để xác định sự biến đổi di truyền trong trình tự DNA tương đồng. Đây là dấu hiệu di truyền đầu tiên được phát triển để lấy dấu vân tay DNA. Tất cả các sinh vật tạo ra cấu hình DNA duy nhất khi bị giới hạn bởi các enzym giới hạn cụ thể. RFLP đóng vai trò là một công cụ quan trọng trong việc tạo ra các cấu hình DNA duy nhất của các cá nhân và phát hiện sự biến đổi di truyền giữa chúng. Khi các mẫu DNA được tiêu hóa bằng các endonuclease giới hạn cụ thể, nó tạo ra các cấu hình DNA khác nhau dành riêng cho từng cá thể. Do đó, phương pháp chính của phương pháp này là phát hiện sự biến đổi di truyền giữa các sinh vật bằng cách hạn chế DNA tương đồng bằng các enzym giới hạn cụ thể và phân tích tính đa hình chiều dài đoạn thông qua điện di trên gel và thấm. Các kiểu thấm máu là duy nhất cho mỗi sinh vật và đặc trưng cho các kiểu gen cụ thể.
Các bước sau liên quan đến RFLP.
- Phân lập đủ lượng DNA từ các mẫu
- Phân mảnh các mẫu DNA với các endonuclease giới hạn cụ thể thành chuỗi ngắn
- Tách các mảnh kết quả có độ dài khác nhau bằng điện di trên gel agarose.
- Chuyển hồ sơ gel thành màng bằng phương pháp thấm Southern
- Lai ghép màng với các đầu dò được dán nhãn và phân tích đa hình chiều dài đoạn trong mỗi cấu trúc
RFLP có nhiều ứng dụng khác nhau như chẩn đoán các bệnh di truyền, lập bản đồ bộ gen, xác định tội phạm trong nghiên cứu pháp y, xét nghiệm quan hệ cha con, v.v.
Hình 02: Kiểu gen RFLP
Sự khác biệt giữa RAPD và RFLP là gì?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD là chỉ thị phân tử dựa trên mồi ngẫu nhiên và PCR. | RFLP là một chất đánh dấu phân tử dựa trên việc tạo ra các đoạn giới hạn chiều dài khác nhau. |
| Mẫu bắt buộc | |
| Mẫu DNA nhỏ là đủ để phân tích RAPD. | Cần một lượng lớn mẫu DNA chiết xuất để phân tích RFLP. |
| Thời gian | |
| RAPD là một quá trình nhanh chóng. | RFLP là một quá trình tốn nhiều thời gian. |
| Sử dụng sơn lót | |
| Các loại mồi ngẫu nhiên được sử dụng và có thể sử dụng cùng một loại mồi cho các loài khác nhau. | Các đầu dò dành riêng cho loài được sử dụng trong RFLP để lai tạo. |
| Độ tin cậy | |
| Độ tin cậy của kỹ thuật này kém hơn so với RFLP. | RFLP là một kỹ thuật đáng tin cậy. |
| Blotting | |
| RAPD liên quan đến việc xóa sổ phía nam. | Southern blotting là một bước của RFLP. |
| Phát hiện Biến thể Allelic | |
| RAPD không thể phát hiện các biến thể allelic. | Các biến thể allelic có thể được phát hiện bằng RFLP. |
| Cần Kiến thức Trình tự | |
| RAPD không yêu cầu kiến thức về trình tự trước. | Cần có kiến thức về trình tự trước để thiết kế đầu dò. |
| PCR | |
| PCR có liên quan đến RAPD | PCR không liên quan đến RFLP. |
| Khả năng tái tạo | |
| RAPD có độ tái tạo thấp | RFLP có khả năng tái tạo cao so với RAPD. |
Tóm tắt - RAPD vs RFLP
RAPD và RFLP là những chất đánh dấu quan trọng được sử dụng trong sinh học phân tử. Cả hai phương pháp đều có khả năng phát hiện sự biến đổi di truyền giữa các sinh vật. RAPD được thực hiện bằng cách sử dụng các đoạn mồi ngẫu nhiên. RFLP được thực hiện bằng cách sử dụng các enzym giới hạn cụ thể. Cả hai phương pháp đều tạo ra cấu hình DNA duy nhất cho từng sinh vật. RAPD liên quan đến một vài bước tương đối so với RFLP. Nhưng nó tạo ra kết quả kém tin cậy và có thể tái tạo hơn RFLP. Đây là sự khác biệt chính giữa RAPD và RFLP.
