Sự khác biệt chính - AFLP vs RFLP
Các nghiên cứuDNA có tầm quan trọng to lớn trong việc hiểu và xác định các mối quan hệ phát sinh loài, chẩn đoán các bệnh di truyền và lập bản đồ bộ gen của sinh vật. Một số kỹ thuật liên quan đến phân tích DNA cũng được sử dụng để xác định một gen cụ thể hoặc một chuỗi DNA trong một nhóm DNA chưa biết. Chúng được gọi là chỉ thị phân tử. Đa hình độ dài đoạn khuếch đại (AFLP) và Đa hình độ dài đoạn hạn chế (RFLP) là hai phương pháp (phương pháp) chỉ thị phân tử được phát triển trong sinh học phân tử để phát hiện sự biến đổi di truyền giữa các sinh vật. Cả hai phương pháp đều quan trọng như nhau và có ưu điểm và nhược điểm. Sự khác biệt chính giữa AFLP và RFLP là AFLP liên quan đến việc khuếch đại PCR có chọn lọc của DNA đã tiêu hóa trong khi RFLP không liên quan đến việc khuếch đại PCR có chọn lọc của các đoạn DNA.
AFLP là gì?
AFLP (Đa hình độ dài phân mảnh khuếch đại) là một công cụ quan trọng trong sinh học phân tử và được sử dụng rộng rãi trong phân tích biến dị di truyền. AFLP dựa trên sự khuếch đại PCR cụ thể của DNA bộ gen bị phân mảnh và phát hiện tính đa hình bằng phương pháp tự ghi thông qua điện di trên gel. AFLP đóng góp rộng rãi vào việc xác định sự khác biệt di truyền trong các chủng hoặc các loài liên quan chặt chẽ của các vương quốc khác nhau bao gồm thực vật, động vật, vi khuẩn và nấm. AFLP có thể được thực hiện với một lượng nhỏ mẫu DNA chưa biết. Nó không yêu cầu kiến thức trình tự trước và thiết kế các đầu dò.
Các bước của AFLP
- Phân lập DNA
- Tiêu hóa DNA với endonucleases giới hạn
- Nối các đoạn DNA bị hạn chế bằng bộ tiếp hợp
- Khuếch đại có chọn lọc các phân đoạn với các trang web hạn chế cụ thể
- Tách các sản phẩm PCR bằng điện di gel
- Hình dung ma trận gel bằng chữ ký
AFLP là một phương pháp nhạy cảm hơn và có thể tái tạo được, có thể được sử dụng trong cấu hình DNA của một số đơn vị phân loại bao gồm nấm, vi khuẩn, thực vật và động vật mà không cần biết trước về trình tự DNA. Nó giúp xác định sự khác biệt nhỏ giữa các cá thể trong quần thể do tính chất nhạy cảm cao của nó. AFLP cũng rất quan trọng trong lập bản đồ bộ gen, nghiên cứu pháp y, xét nghiệm cha mẹ, định kiểu gen, v.v.
Hình 01: AFLP
RFLP là gì?
Giới hạn Độ dài Phân mảnh Đa hình (RFLPs) là một kỹ thuật được sử dụng để phát hiện các biến thể di truyền trong trình tự DNA tương đồng. Đây là phương pháp đầu tiên được phát triển để lập hồ sơ DNA. Các sinh vật có dấu vân tay DNA hoặc cấu hình DNA duy nhất. RFLP đóng vai trò là một công cụ quan trọng để phân tích sự biến đổi giữa các cấu hình DNA của các sinh vật nội đặc hiệu hoặc có liên quan chặt chẽ vì các trình tự tương đồng có các vị trí giới hạn khác nhau (vị trí) duy nhất cho một sinh vật cụ thể. Khi DNA tương đồng được tiêu hóa bằng các endonuclease giới hạn cụ thể, nó sẽ tạo ra các cấu hình DNA khác nhau, đặc trưng cho từng cá thể. Do đó, phương pháp chính của phương pháp này là phát hiện sự biến đổi di truyền giữa các sinh vật bằng cách hạn chế DNA tương đồng bằng các enzym giới hạn cụ thể và phân tích tính đa hình chiều dài đoạn thông qua điện di trên gel và thấm. Các kiểu thấm máu là duy nhất cho mỗi sinh vật và đặc trưng cho các kiểu gen cụ thể.
Các bước của RFLP
- Phân lập đủ lượng DNA từ các mẫu
- Phân mảnh các mẫu DNA với các endonuclease giới hạn cụ thể thành chuỗi ngắn
- Tách các mảnh kết quả có độ dài khác nhau bằng điện di trên gel agarose.
- Chuyển hồ sơ gel thành màng bằng phương pháp thấm Southern
- Lai ghép màng với các đầu dò được dán nhãn và phân tích đa hình chiều dài đoạn trong mỗi cấu trúc
RFLP là một kỹ thuật rất quan trọng trong việc phát hiện di truyền bệnh và tìm ra nguy cơ mắc bệnh giữa các thành viên trong gia đình. RFLP cũng thường được sử dụng trong lập bản đồ bộ gen, xác định tội phạm trong pháp y, xét nghiệm quan hệ cha con, v.v. RFLP cũng có một số hạn chế. RFLP yêu cầu kiến thức trước về dữ liệu trình tự để thiết kế các đầu dò cho quá trình lai ghép. Nó cũng đòi hỏi phải phân lập đủ lượng DNA từ mẫu để phân tích, điều này rất khó trong các nghiên cứu pháp y.
Hình 01: Ánh xạ RRFLP
Sự khác biệt giữa AFLP và RFLP là gì?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP liên quan đến việc khuếch đại PCR có chọn lọc của DNA đã tiêu hóa. | RFLP không liên quan đến PCR trừ khi nó là PCR-RFLP. |
| Kiến thức Trình tự | |
| Không cần kiến thức về trình tự trước. | Cần có kiến thức về trình tự trước để thiết kế đầu dò RFLP. |
| Độ tin cậy | |
| Điều này đáng tin cậy hơn. | Điều này kém tin cậy hơn so với AFLP. |
| Hiệu quả trong việc phát hiện đa hình | |
| Điều này có hiệu quả cao hơn trong việc phát hiện đa hình so với RFLP. | Điều này kém hiệu quả hơn so với AFLP. |
| Chi phí | |
| Cái này hơi đắt so với RFLP. | Cái này ít tốn kém hơn so với AFLP. |
| Ứng dụng | |
| AFLPs đã được áp dụng để lập bản đồ bộ gen, lấy dấu vân tay DNA, nghiên cứu đa dạng di truyền, xét nghiệm quan hệ cha con và pháp y | Phân tích RFLP là một công cụ quan trọng trong việc lập bản đồ bộ gen, xác định vị trí của các gen gây rối loạn di truyền, xác định nguy cơ mắc bệnh và kiểm tra quan hệ cha con. |
Tổng hợp - AFLP vs RFLP
AFLP và RFLP là hai kỹ thuật được sử dụng làm dấu hiệu di truyền để đánh giá tính đa dạng và đánh giá các mối quan hệ di truyền trong sinh học phân tử. AFLP phục vụ như một phương pháp hiệu quả và nhạy cảm để phát hiện đa hình di truyền giữa các sinh vật hơn RFLP. Tuy nhiên, mặc dù cả hai phương pháp này đều có hiệu quả khác nhau trong việc phát hiện các biến thể di truyền, chúng vẫn được sử dụng để lấy dấu vân tay DNA và chẩn đoán bệnh.
