Sự khác biệt chính - Bản dịch Nick và Phần mở rộng Primer
DịchNick và mở rộng mồi là hai kỹ thuật quan trọng được thực hiện trong Sinh học phân tử. Sự khác biệt chính giữa quá trình dịch mã và mở rộng đoạn mồi là quá trình dịch mã tạo ra các đầu dò được đánh dấu cho các kỹ thuật lai khác trong khi phương pháp mở rộng đoạn mồi xác định một trình tự ARN cụ thể từ hỗn hợp và tiết lộ thông tin về sự biểu hiện của mRNA. Cả hai kỹ thuật đều có tầm quan trọng lớn và được thực hiện thường xuyên trong các phòng thí nghiệm nghiên cứu phân tử.
Dịch Nick là gì?
Dịch mã là một kỹ thuật quan trọng được sử dụng để chuẩn bị các đầu dò được gắn nhãn cho các kỹ thuật sinh học phân tử khác nhau như thấm, lai tại chỗ, lai huỳnh quang tại chỗ, v.v. Đây là một phương pháp ghi nhãn DNA trong ống nghiệm. Đầu dò DNA được sử dụng để xác định các trình tự DNA hoặc RNA cụ thể. Với sự trợ giúp của một đầu dò được dán nhãn, các đoạn cụ thể có thể được đánh dấu hoặc hình dung từ một hỗn hợp phức tạp của axit nucleic. Do đó, các đầu dò được dán nhãn được chuẩn bị bằng cách sử dụng các kỹ thuật khác nhau để sử dụng cho các kỹ thuật khác nhau. Dịch mã là một trong những phương pháp như vậy tạo ra các đầu dò được gắn nhãn với sự trợ giúp của các enzym DNase 1 và DNA polymerase 1.
Quá trình dịch mã bắt đầu với hoạt động của enzym DNase 1. DNase 1 giới thiệu các lỗ hổng trong xương sống phosphate của DNA sợi đôi bằng cách phân cắt các liên kết phosphodiester giữa các nucleotide. Khi nick được tạo ra, nhóm OH 3’tự do của nucleotide sẽ được tạo ra và enzyme DNA polymerase 1 sẽ hoạt động trên nó. Hoạt động exonuclease từ 5’đến 3’ của DNA polymerase 1 loại bỏ các nucleotide khỏi nick theo hướng 3’của sợi DNA. Đồng thời, hoạt động polymerase của enzym DNA polymerase 1 hoạt động và bổ sung các nucleotide để thay thế các nucleotide đã bị loại bỏ. Nếu các nucleotide đã được đánh dấu, sự thay thế sẽ xảy ra bởi các nucleotide được đánh dấu và nó sẽ đánh dấu DNA để nhận dạng. DNA được đánh dấu mới được tổng hợp này có thể được sử dụng làm đầu dò trong các phản ứng lai khác nhau trong Sinh học Phân tử.
Hình 01: Quá trình dịch nick
Primer Extension là gì?
Mở rộng mồi là một kỹ thuật được sử dụng để tìm trình tự RNA cụ thể từ hỗn hợp RNA và xác định vị trí đầu 5 'của phiên mã mRNA. Nó cũng được sử dụng để nghiên cứu cấu trúc của RNA và sự biểu hiện. Phương pháp mở rộng mồi được thực hiện với các đoạn mồi có nhãn hoặc với các nucleotide đã được đánh dấu. Nếu các đoạn mồi được gắn nhãn được sử dụng, thì điều đó không cần thiết phải ghi nhãn các nucleotide được sử dụng để tổng hợp cDNA. Có một số bước trong kỹ thuật này. Nó bắt đầu với việc chiết xuất RNA từ mẫu. Sau đó, một đoạn mồi oligonucleotide được đánh dấu được thêm vào hỗn hợp cùng với các thành phần cần thiết để tổng hợp cDNA của một trình tự RNA cụ thể. Ủ mồi với trình tự bổ sung từ hỗn hợp. Sử dụng trình tự ủ mồi làm khuôn mẫu, enzyme phiên mã ngược tổng hợp DNA bổ sung (cDNA) của chuỗi RNA. Quá trình ủ mồi và phiên mã ngược chỉ xảy ra khi có trình tự RNA cụ thể trong mẫu. Cuối cùng, khi thực hiện điện di gel biến tính, kích thước của trình tự RNA có thể được xác định. Cũng có thể dễ dàng tìm thấy base +1 của trình tự mRNA (vị trí bắt đầu phiên mã) bằng phương pháp mở rộng mồi. Lượng mRNA có trong mẫu có thể được định lượng bằng phương pháp này nếu lượng mồi thừa được sử dụng.
Hình 02: Phần mở rộng của lớp sơn lót
Sự khác biệt giữa Nick Translation và Primer Extension là gì?
Dịch Nick và Mở rộng Primer |
|
| Dịch mã là một quá trình tạo ra các đầu dò DNA được gắn nhãn cho các phản ứng lai khác nhau. | Mở rộng mồi là một kỹ thuật được sử dụng để tìm RNA cụ thể hoặc để nghiên cứu sự biểu hiện của gen. |
| Enzyme được sử dụng | |
| DNase 1 và enzyme DNA polymerase được sử dụng. | Enzyme phiên mã ngược được sử dụng. |
| Tầm quan trọng | |
| Dịch mã tạo điều kiện thuận lợi cho việc đánh dấu chuỗi DNA cụ thể. | Phần mở rộng mồi cho phép phát hiện kích thước trình tự mRNA cụ thể và số lượng có trong mẫu. |
Tóm tắt - Bản dịch Nick và Phần mở rộng Primer
Dịch mã là một phương pháp được sử dụng để tổng hợp các mẫu dò được đánh dấu dựa trên hoạt động của các enzym DNase 1 và E coli DNA polymerase 1. Đây là một phương pháp in vitro được sử dụng trong các phòng thí nghiệm trước các kỹ thuật lai tạo khác nhau. Trong quá trình dịch mã, hoạt động exonuclease 5’-3’của DNA polymerase 1 loại bỏ các nucleotide phía trước nick và hoạt động polymerase của DNA polymerase 1 thay thế các nucleotide bị loại bỏ bằng các nucleotide được đánh dấu phía sau nick. Mở rộng mồi là một phương pháp được sử dụng để phát hiện một bản sao RNA cụ thể từ một hỗn hợp và định lượng kích thước cũng như số lượng RNA quan tâm. Đây là sự khác biệt giữa bản dịch nick và phần mở rộng mồi.
