Sự khác biệt chính - Giải trình tự Exome và RNA
Giải trình tự axit nucleic là kỹ thuật xác định thứ tự của các nucleotide trong một đoạn DNA hoặc RNA cụ thể của một sinh vật. Việc xác định trình tự rất quan trọng trong việc xác định cấu tạo DNA và RNA của tế bào và phân biệt một số gen mã hóa cho các protein chức năng; do đó, giải trình tự có thể được sử dụng để hiểu các đột biến của các gen này và các biểu hiện gen. Phương pháp giải trình tự Sanger hoặc các phương pháp giải trình tự Thế hệ tiếp theo tiên tiến hơn là các phương pháp giải trình tự thường được sử dụng. Giải trình tự exome là trình tự sắp xếp toàn bộ các exon hoặc vùng DNA mã hóa có trong một sinh vật trong khi giải trình tự RNA là quy trình giải trình tự các axit Ribonucleic (RNA). Đây là điểm khác biệt chính giữa giải trình tự exome và RNA.
Trình tự Exome là gì?
Exome là một tập hợp con của bộ gen bao gồm các gen mã hóa của một sinh vật cụ thể. Các gen mã hóa được đặt tên là exon và được phiên mã thành mRNA và sau đó được dịch mã thành trình tự axit amin. Trong quá trình sửa đổi sau phiên mã, cơ chế nối RNA ở sinh vật nhân chuẩn loại bỏ các intron (vùng không mã hóa), và các exon vẫn còn. Có hai kỹ thuật chính để giải trình tự exome được thực hiện: dựa trên giải pháp và dựa trên mảng.
Trong giải trình tự exome dựa trên dung dịch, các mẫu DNA được phân mảnh bằng cách sử dụng enzym giới hạn hoặc phương pháp cơ học và bị biến tính bằng nhiệt. Trong kỹ thuật này, các đầu dò oligonucleotide đánh dấu biotin (mồi) được sử dụng để lai có chọn lọc với các vùng mục tiêu trong bộ gen. Các hạt streptavidin từ tính được sử dụng cho bước liên kết. Ràng buộc được theo sau bởi một bước rửa trong đó các trình tự không liên kết và không được nhắm mục tiêu được rửa trôi. Các mục tiêu bị ràng buộc sau đó được khuếch đại bằng cách sử dụng phản ứng Chuỗi Polymerase (PCR) và sau đó được giải trình tự bằng cách sử dụng kỹ thuật Giải trình tự Sanger hoặc Thế hệ Tiếp theo.
Hình 01: Trình tự Exome
Phương pháp dựa trên mảng cũng tương tự như phương pháp dựa trên dung dịch, ngoại trừ việc các đoạn DNA được bắt vào một mảng vi mô, sau đó các bước liên kết và rửa sẽ được thực hiện trước khi được giải trình tự.
Giải trình tự exome được sử dụng trong nhiều ứng dụng như chẩn đoán di truyền bệnh, liệu pháp gen, xác định các dấu hiệu di truyền mới, trong nông nghiệp để xác định các đặc điểm nông học có lợi khác nhau và trong quy trình nhân giống cây trồng.
Giải trình tự RNA là gì?
Giải trình tự RNA dựa trên transcriptome, là những bản sao chép hoàn chỉnh của tế bào. Các mục tiêu chính của giải trình tự RNA là lập danh mục tất cả các loài của bản sao, bao gồm mRNA, RNA không mã hóa và RNA nhỏ, để xác định cấu trúc phiên mã của gen và định lượng mức độ biểu hiện của mỗi bản sao trong quá trình phát triển. Trong quá trình giải trình tự RNA, công nghệ lai (là DNA bổ sung có nguồn gốc từ các trình tự mRNA trưởng thành) ban đầu được sử dụng để giải trình tự. Hiện tại, một kỹ thuật chuyển tiếp tiên tiến và chính xác hơn được sử dụng để giải trình tự RNA.
Hình 02: Trình tự RNA
Trong giải trình tự RNA, một mẫu RNA có thể là RNA tổng số hoặc RNA phân đoạn được chuyển đổi thành DNA bổ sung (cDNA) bằng cách sử dụng phiên mã ngược và một thư viện cDNA được chuẩn bị. Mỗi đoạn cDNA được gắn vào các bộ điều hợp ở cả hai bên (giải trình tự kết thúc cặp) hoặc ở một bên (giải trình tự kết thúc đơn). Các trình tự được gắn thẻ này được sắp xếp theo trình tự bằng cách sử dụng trình tự Sanger hoặc thế hệ tiếp theo, như giải trình tự exome.
Sự tương đồng giữa Giải trình tự Exome và RNA là gì?
- Các đoạn ngắn được chọn hoặc toàn bộ DNA / RNA có thể được sử dụng để giải trình tự Exome hoặc RNA.
- Các đoạn có trình tự được lưu giữ trong thư viện.
- Giải trình tự Sanger hoặc Trình tự Thế hệ Tiếp theo có thể được sử dụng.
- Cả hai đều là phương pháp giải trình tự trong ống nghiệm.
- Các đoạn có trình tự có thể được xác định bằng thẻ huỳnh quang.
Sự khác biệt giữa Giải trình tự Exome và RNA là gì?
Giải trình tự Exome vs RNA |
|
| Giải trình tự exome là trình tự sắp xếp toàn bộ các exon hoặc vùng DNA mã hóa có trong một sinh vật. | Giải trình tự RNA đề cập đến quy trình giải trình tự của các axit Ribonucleic (RNA); bảng điểm. |
| Mẫu bắt đầu | |
| DNA bộ gen là mẫu ban đầu của quá trình giải trình tự ngoại lai. | RNA là mẫu khởi đầu của quá trình giải trình tự RNA. |
| Thành phần | |
| Điều này chỉ chứa các vùng mã hóa của tổng số DNA được gọi là Exons | Cái này chứa RNA-mRNA / transcriptome. |
| Trình tự | |
| Có hai phương pháp chính để giải trình tự exome; công nghệ dựa trên giải pháp và dựa trên mảng. | Giải trình tự RNA được thực hiện thông qua việc chuẩn bị thư viện cDNA bằng cách trích xuất RNA tổng số hoặc RNA phân mảnh. |
Tóm tắt - Giải trình tự Exome vs RNA
Exome là tập hợp đầy đủ các vùng mã hóa của một sinh vật và các kỹ thuật liên quan đến việc xác định thứ tự nucleotide chính xác của Exome được gọi là giải trình tự exome. Giải trình tự RNA là kỹ thuật liên quan đến việc xác định thứ tự nucleotide của RNA của một sinh vật. Đây là sự khác biệt giữa giải trình tự exome và RNA.
Tải xuống Phiên bản PDF của Giải trình tự Exome vs RNA
Bạn có thể tải xuống phiên bản PDF của bài viết này và sử dụng nó cho mục đích ngoại tuyến theo ghi chú trích dẫn. Vui lòng tải xuống phiên bản PDF tại đây Sự khác biệt giữa Giải trình tự Exome và RNA
