Sự khác biệt chính - Blunt vs Sticky End Ligation
Endonuclease hạn chế là các enzym cụ thể cắt DNA sợi đôi (dsDNA). Chúng còn được gọi là kéo phân tử trong Sinh học phân tử. Các enzym giới hạn có thể nhận ra các trình tự ngắn cụ thể của dsDNA được gọi là các vị trí nhận biết và phân cắt các liên kết phosphodiester và hydro để mở các sợi kép. Kết quả của sự phân cắt bởi các enzym này, các đoạn DNA được tạo ra với các dạng kết thúc khác nhau như kết thúc dính và kết thúc cùn. DNA ligase là một loại enzyme được sử dụng trong sinh học phân tử để nối hai chuỗi DNA gần nhau bằng cách hình thành các liên kết mới. Bước này được gọi là thắt và tùy theo loại kết thúc của DNA, chúng có thể được gọi là thắt đầu cùn và thắt cuối dính. Sự khác biệt cơ bản giữa thắt đầu cùn và thắt đầu dính là thắt đầu cùn xảy ra giữa các đoạn DNA có chứa hai đầu cùn trong khi thắt đầu dính xảy ra giữa các phần nhô ra từ 5 'đến 3'. So với thắt đầu cùn, thắt đầu dính hiệu quả và ổn định hơn.
Thắt lưng cuối cùn là gì?
Một số endonuclease hạn chế có thể cắt DNA ở các gốc đối diện và tạo ra các đoạn DNA cuối cùn. Các enzym này được gọi là máy cắt đầu cùn; chúng phân cắt thẳng xuống giữa vị trí hạn chế mà không để lại các đế nhô ra mắc kẹt. Các đầu nhọn còn được gọi là các đầu không nhô ra vì chúng không có đế nhô ra 3 'và 5' ở các đầu. Cả hai sợi kết thúc từ các cặp cơ sở ở đầu cùn. Các enzym cắt đầu cùn phổ biến là EcoRV HaeIII, AluI và SmaI.
Thắt đầu cùn có liên quan giữa hai đầu cùn. Nó không phải là sự thắt chặt của các cơ sở nhô ra. Thắt này kém hiệu quả hơn thắt cuối dính. Tuy nhiên, trong một số trường hợp, thắt đầu cùn trở nên có lợi hơn thắt đầu dính, đặc biệt là khi thắt các sản phẩm PCR. Các sản phẩm PCR luôn được sản xuất với các đầu cùn. Thắt đầu cùn không yêu cầu các đầu bổ sung trong DNA để thắt.
Hình 01: Quá trình sản xuất cuối cùng bằng enzyme Eco RV
Dây chằng cuối dính là gì?
Một số endonuclease hạn chế có thể cắt dsDNA, để lại một đoạn DNA sợi đơn nhô ra ở cuối. Những đầu này được gọi là kết dính hoặc kết thúc nhô ra. Sự thắt đầu dính xảy ra giữa hai đoạn DNA chứa phần nhô ra phù hợp vì các đầu dính có các bazơ chưa ghép đôi và cần các bazơ bổ sung để tạo liên kết. Do đó, cần phải sử dụng cùng một loại enzyme giới hạn cho cả hai nguồn DNA để tạo ra các đoạn nối phù hợp.
Thắt đầu dính hiệu quả hơn và thường rất được mong đợi trong quá trình nhân bản. Có một số enzym giới hạn tạo ra kết dính. Họ là EcoRI, BamHI, HindIII, v.v.
Hình 02: Quá trình tạo nếp bằng enzyme Eco RI
Sự khác biệt giữa Blunt và Sticky End Ligation là gì?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Thắt đầu cùn xảy ra giữa hai đoạn DNA đầu cùn. | Sự thắt đầu dính xảy ra giữa hai đoạn DNA phù hợp với các đầu dính. |
| Enzyme | |
| Máy cắt đầu cùn tạo ra đầu cùn. | Máy cắt đầu dính tạo ra các đầu dính hoặc kết dính. |
| Yêu cầu Kết thúc Đối sánh | |
| Nó không yêu cầu các mảnh phù hợp hoặc các cơ sở bổ sung. | Nó yêu cầu các bazơ bổ sung ở các đầu để tạo thành các cặp bazơ. |
| Hiệu quả | |
| Nó kém hiệu quả hơn thắt đầu dính | Nó hiệu quả hơn thắt đầu cùn. |
Tóm tắt - Blunt vs Sticky End Ligation
Endonucleases hạn chế có thể phân cắt dsDNA và tạo ra các đoạn DNA với các đầu khác nhau. Chúng nhận ra các trình tự cụ thể và hạn chế DNA tạo ra các đầu dính và cùn. Các đầu dính có các bazơ không ghép đôi ở cuối các mảnh. Các đầu thẳng được tạo ra do sự phân cắt thẳng và chúng có các cặp bazơ ở đầu. Thắt đầu dính cần hai đoạn DNA sợi đơn bổ sung. Thắt đầu cùn xảy ra giữa hai đoạn cuối cùn bất kỳ. Đây là sự khác biệt giữa thắt cùn và thắt.
