Sự khác biệt chính giữa FASTA và FASTQ là FASTA là định dạng dựa trên văn bản chỉ lưu trữ trình tự nucleotide hoặc protein, trong khi FASTQ là định dạng dựa trên văn bản lưu trữ cả giá trị chất lượng trình tự và trình tự liên quan.
Tin sinh học là một lĩnh vực sử dụng các phần mềm khác nhau để phân tích và hiểu dữ liệu sinh học, đặc biệt khi tập hợp dữ liệu phức tạp và lớn. Lĩnh vực này kết hợp sinh học, hóa học, vật lý, khoa học máy tính, kỹ thuật thông tin, toán học và thống kê để phân tích và giải thích dữ liệu sinh học. FASTA và FASTQ là hai định dạng biểu diễn trình tự trong lĩnh vực tin sinh học để sắp xếp và phân tích trình tự. Trên thực tế, FASTQ là một định dạng tệp trình tự mở rộng định dạng FASTA với khả năng lưu trữ chất lượng trình tự.
FASTA là gì?
FASTA là một phần mềm sắp xếp trình tự DNA và protein. Phần mềm FASTA sử dụng định dạng FASTA. Đây là một định dạng dựa trên văn bản đại diện cho trình tự nucleotide hoặc trình tự axit amin (protein). Ở đây, các mã chữ cái đơn đại diện cho cả hai chuỗi này. FASTA là một công cụ quan trọng trong lĩnh vực tin sinh học và hóa sinh. Định dạng này cho phép tên trình tự và nhận xét đứng trước trình tự.
Hình 01: Chuỗi FASTA
Định dạng này có nguồn gốc từ phần mềm FASTA và được giới thiệu bởi David J. Lipmann và William R. Pearson vào năm 1985. Công cụ FASTA đã có nhiều sửa đổi theo thời gian và phiên bản mới nhất bao gồm các chương trình cho protein: protein, DNA: DNA, protein: DNA được dịch mã (có dịch chuyển khung) và tìm kiếm peptide có thứ tự hoặc không có thứ tự. FASTA đọc trình tự nucleotide hoặc axit amin nhất định và tìm kiếm cơ sở dữ liệu trình tự tương ứng bằng cách sử dụng căn chỉnh trình tự cục bộ để tìm các kết quả phù hợp của các trình tự cơ sở dữ liệu tương tự.
FASTQ là gì?
FASTQ là một phần mềm căn chỉnh được sử dụng trong lĩnh vực tin sinh học, phần mềm này lưu trữ cả trình tự sinh học (thường là trình tự nucleotide) và điểm chất lượng tương ứng của nó. FASTQ ban đầu được phát triển để gói một chuỗi được định dạng FASTA và dữ liệu chất lượng liên quan bởi Viện Wellcome Trust Sanger. Với sự phát triển trong lĩnh vực tin sinh học, FASTQ đã trở thành tiêu chuẩn thực tế để lưu trữ đầu ra của nhiều thiết bị giải trình tự thông lượng cao.
Định dạng FASTQ sử dụng bốn dòng khác nhau cho mỗi chuỗi. Dòng 1 bắt đầu bằng ký tự @ và theo sau là số nhận dạng trình tự (tương tự như dòng tiêu đề FASTA). Dòng 2 bao gồm các chữ cái thứ tự thô. Ở dòng 3, trình tự bắt đầu bằng ký tự ‘+’ và được theo sau bởi cùng một số nhận dạng trình tự. Dòng 4 mã hóa các giá trị chất lượng cho chuỗi ở dòng 2 và phải bao gồm cùng một số ký hiệu như các chữ cái trong chuỗi.
Điểm giống nhau giữa FASTA và FASTQ là gì?
- FASTA và FASTQ là công cụ căn chỉnh.
- Chúng là hai định dạng biểu diễn trình tự.
- Cả hai đều liên quan đến lĩnh vực tin sinh học.
- Cả FAST và FASTQ đều là những công cụ quan trọng cho mục đích lưu trữ và sắp xếp trình tự.
- FASTQ là phần mở rộng của định dạng FASTA với khả năng lưu trữ chất lượng trình tự.
Sự khác biệt giữa FASTA và FASTQ là gì?
FASTA là định dạng dựa trên văn bản chỉ lưu trữ trình tự nucleotide hoặc protein, trong khi FASTQ là định dạng dựa trên văn bản lưu trữ cả giá trị chất lượng trình tự và trình tự liên quan. Do đó, đây là điểm khác biệt chính giữa FASTA và FASTQ. Hơn nữa, FASTA lưu trữ các đoạn trình tự sau khi được ánh xạ, trong khi FASTQ lưu trữ các đoạn trình tự trước khi ánh xạ. Bên cạnh đó, một điểm khác biệt khác giữa FASTA và FASTQ là FASTA bao gồm một dòng mô tả và FASTAQ bao gồm bốn dòng.
Đồ họa thông tin dưới đây trình bày sự khác biệt giữa FASTA và FASTQ ở dạng bảng để so sánh song song.
Tổng hợp - FASTA vs FASTQ
Tin sinh học sử dụng các định dạng trình tự khác nhau như FASTA và FASTQ, v.v. FASTA lưu trữ các đoạn trình tự sau khi được ánh xạ trong khi FASTQ lưu trữ các đoạn trình tự trước khi ánh xạ. FASTA là một phần mềm sắp xếp trình tự DNA và protein. Nó bao gồm các chương trình cho protein: protein, DNA: DNA, protein: DNA được dịch mã (có dịch chuyển khung) và các tìm kiếm peptide có thứ tự hoặc không có thứ tự. FASTQ là một phần mềm căn chỉnh được sử dụng trong lĩnh vực tin sinh học và lưu trữ cả trình tự sinh học (thường là trình tự nucleotide) và điểm chất lượng tương ứng của nó. FASTA bao gồm một dòng mô tả và FASTQ bao gồm bốn dòng. Vì vậy, điều này tóm tắt sự khác biệt giữa FASTA và FASTQ.
