Sự khác biệt chính giữa BLAST và FastA là BLAST là một công cụ căn chỉnh cơ bản có trên trang web của Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia trong khi FastA là một công cụ tìm kiếm sự tương đồng có sẵn trên trang web của Viện Tin học Sinh học Châu Âu.
BLAST và FastA là hai phần mềm được sử dụng rộng rãi để so sánh trình tự sinh học của DNA, axit amin, protein và nucleotide của các loài khác nhau và tìm kiếm điểm tương đồng của chúng. Các thuật toán này đã được viết để lưu ý đến tốc độ. Bởi vì, khi các nhà khoa học có thể phân lập DNA trong phòng thí nghiệm vào giữa những năm 1980, nó đã đặt ra nhu cầu so sánh và tìm ra các gen giống hệt nhau để nghiên cứu thêm ở tốc độ cao. Do đó, hai phần mềm này được phát triển theo cách mà người dùng có thể thực hiện tìm kiếm nhanh các chuỗi tương tự với chuỗi truy vấn của họ.
BLAST là từ viết tắt của Basic Local Alignment Search Tool và sử dụng phương pháp bản địa hóa để so sánh hai chuỗi. FastA là một phần mềm đề cập đến Fast A trong đó A là viết tắt của Tất cả. Ở đây, phần mềm hoạt động với các bảng chữ cái như Fast A để giải trình tự DNA và Fast P cho protein. Cả BLAST và FastA đều rất nhanh trong việc so sánh bất kỳ cơ sở dữ liệu bộ gen nào và do đó, rất khả thi về tiền bạc cũng như tiết kiệm thời gian.
BLAST là gì?
BLAST là một trong những phần mềm tin sinh học được sử dụng rộng rãi nhất được phát triển vào năm 1990. Kể từ đó, nó có sẵn cho tất cả mọi người tại trang NCBI. Hơn nữa, bất kỳ người nào cũng có thể truy cập và sử dụng phần mềm này. Hơn nữa, BLAST là phần mềm cần dữ liệu đầu vào hoặc trình tự ở định dạng FastA. Tuy nhiên, nó cung cấp dữ liệu đầu ra ở định dạng văn bản thuần túy, HTML hoặc XML. BLAST hoạt động trên nguyên tắc tìm kiếm các điểm tương đồng được bản địa hóa giữa hai chuỗi và liệt kê ngắn các chuỗi tương tự và sau đó, nó tìm kiếm các điểm tương đồng lân cận.
Hình 01: Kết quả BLAST
Do đó, phần mềm này tìm kiếm một số lượng lớn các khu vực địa phương tương tự và đưa ra kết quả là đạt đến giá trị ngưỡng. Tuy nhiên, quá trình này khác với phần mềm trước đó, trước tiên sẽ tìm kiếm toàn bộ chuỗi và sau đó thực hiện so sánh, và do đó, mất rất nhiều thời gian.
Ngoài việc kiểm tra độ giống nhau ở trên, BLAST còn có nhiều công dụng khác như lập bản đồ DNA, so sánh hai gen giống nhau ở các loài khác nhau, tạo cây phát sinh loài, v.v.
FastA là gì?
FastA là một phần mềm sắp xếp trình tự protein. David J. Lipman và William R. Pearson đã mô tả phần mềm này vào năm 1985. Mặc dù việc sử dụng ban đầu của phần mềm này chỉ để so sánh các trình tự protein, phiên bản sửa đổi của nó cũng có thể so sánh các trình tự DNA. Ở đây, phần mềm này sử dụng nguyên tắc tìm sự giống nhau giữa hai dãy số một cách thống kê. Nó khớp một chuỗi DNA hoặc protein với một chuỗi khác bằng phương pháp căn chỉnh trình tự cục bộ.
Hình 02: FastA
Tuy nhiên, nó tìm kiếm các vùng địa phương để tìm sự giống nhau, nhưng không phải là sự phù hợp nhất giữa hai chuỗi. Vì phần mềm này đôi khi so sánh các điểm tương đồng được bản địa hóa, nên nó cũng có thể xuất hiện các điểm không khớp. Trong một chuỗi, FastA lấy một phần nhỏ được gọi là k-tuples, trong đó các bộ giá trị có thể từ 1 đến 6 và khớp với k-tuples của chuỗi khác. Vào cuối quá trình đối sánh, khi đạt đến giá trị ngưỡng, nó sẽ tạo ra kết quả.
Điểm giống nhau giữa BLAST và FastA là gì?
- BLAST và FastA là các công cụ tin sinh học được sử dụng để so sánh các trình tự protein và DNA để tìm điểm tương đồng.
- Ngoài ra, cả hai chương trình đều sử dụng chiến lược tính điểm để so sánh giữa các chuỗi.
- Hơn nữa, cả hai công cụ đều cho kết quả chính xác cao.
Sự khác biệt giữa BLAST và FastA là gì?
BLAST là công cụ kiểm tra sự giống nhau giữa các trình tự sinh học. Mặt khác, FastA là một chương trình khác tạo điều kiện thuận lợi cho việc kiểm tra độ giống nhau của trình tự protein và DNA. Tuy nhiên, so với FastA, phần mềm BLAST rất phổ biến vì nó cho kết quả nhanh và chính xác hơn. Do đó, đây là sự khác biệt giữa BLAST và FastA. Hơn nữa, không giống như FastA, chương trình BLAST có thể sửa đổi tùy theo nhu cầu của người dùng. Do đó, đây là một điểm khác biệt giữa BLAST và FastA.
Đồ họa thông tin dưới đây về sự khác biệt giữa BLAST và FastA cung cấp thêm thông tin chi tiết.
Tóm tắt - BLAST vs FastA
BLAST và FastA là hai chương trình cho phép người dùng so sánh trình tự truy vấn của mình với trình tự trong cơ sở dữ liệu hiện có và kiểm tra các điểm tương đồng. Mục đích ban đầu của FastA là chỉ so sánh các trình tự protein. Tuy nhiên, phiên bản sửa đổi của phần mềm này tạo điều kiện thuận lợi cho việc so sánh trình tự protein và DNA. Mặc dù FastA là phần mềm tốt, hầu hết mọi người đều sử dụng công cụ căn chỉnh BLAST vì nó phổ biến hơn và cho kết quả chính xác và nhanh hơn FastA. Ngoài ra, công cụ BLAST có thể sửa đổi tùy theo yêu cầu của người dùng. Tóm lại, phần này tóm tắt sự khác biệt giữa BLAST và FastA.
