Sự khác biệt cơ bản giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT là mồi ngẫu nhiên là hỗn hợp của tất cả các trình tự oligonucleotide hexamer có thể có, trong khi mồi oligo dT bao gồm một đoạn sợi đơn gồm 12–18 deoxythymidine.
Phiên mã ngược là một cơ chế mà cDNA có thể được tổng hợp bằng cách sử dụng mRNA hoặc bất kỳ loài RNA nào. Để tạo ra cDNA, cần cung cấp enzym phiên mã ngược và các thành phần cần thiết khác, đặc biệt là khuôn mẫu và mồi. Mồi là các trình tự DNA ngắn được thiết kế đặc biệt để khuếch đại các trình tự đích. Mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT là hai loại mồi phổ biến được sử dụng trong quá trình phiên mã ngược. Do đó, mồi ngẫu nhiên hoặc mồi oligo dT là các trình tự oligonucleotide DNA ngắn cần thiết cho enzym phiên mã ngược để bắt đầu phiên mã ngược. Tùy thuộc vào khuôn mẫu RNA, mồi phù hợp có thể được chọn trong số hai loại mồi này.
Sơn lót Ngẫu nhiên là gì?
Mồi ngẫu nhiên là hỗn hợp các oligonucleotide đại diện cho tất cả các trình tự hexamer có thể có. Trình tự đoạn mồi của đoạn mồi ngẫu nhiên là 5´ - d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T hoặc C. Do đó, đoạn mồi ngẫu nhiên có thể được sử dụng để khuếch đại ADN hoặc ARN sợi đơn bằng ADN polymerase hoặc enzym phiên mã ngược, tương ứng. Bên cạnh đó, hỗn hợp mồi ngẫu nhiên có khả năng khuếch đại tất cả các vùng của RNA để tạo ra cDNA. Do đó, nó tạo ra các độ dài khác nhau của cDNA.
Hình 01: Lớp lót ngẫu nhiên
Quan trọng nhất, hỗn hợp mồi ngẫu nhiên không thể hiện tính đặc trưng của mẫu. Nó không có khả năng phân biệt mRNA và các loài RNA khác. Và, nó kết hợp với bất kỳ loại RNA nào trong mẫu. Tuy nhiên, hỗn hợp mồi ngẫu nhiên phù hợp để phiên mã ngược lại các RNA không có đuôi poly (A), chẳng hạn như rRNA, tRNA, RNA không mã hóa, RNA nhỏ, mRNA nhân sơ, v.v., RNA phân hủy và RNA có cấu trúc thứ cấp đã biết.
Oligo dT là gì?
Oligo dT primer là loại kem lót chứa 12 - 18 deoxythymine (dT). Trình tự mồi có thể được biểu diễn dưới dạng 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Nó được sử dụng để sản xuất cDNA từ mRNA có chứa đuôi poly (A). Về cơ bản, nó hoạt động như một mồi cho phản ứng được xúc tác bởi men sao chép ngược. Trong quá trình phiên mã ngược, mồi oligo dT liên kết với đuôi poly adenylated được tìm thấy ở đầu 3 'của hầu hết mRNA sinh vật nhân chuẩn và bắt đầu quá trình.
Hình 02: Phiên mã ngược bằng Oligo dT Primer
Không giống như mồi ngẫu nhiên, mồi oligo dT không phù hợp với RNA bị thoái hóa hoặc RNA thiếu đuôi poly (A), bao gồm RNA nhân sơ và microRNA.
Điểm giống nhau giữa Mồi ngẫu nhiên và Oligo dT là gì?
- Mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT là hai loại mồi được sử dụng để phiên mã ngược và tạo cDNA.
- Sử dụng mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT cùng nhau làm tăng độ nhạy của quá trình tổng hợp cDNA.
- Chúng là các chuỗi nucleotide ngắn mạch đơn.
Sự khác biệt giữa Mồi Ngẫu nhiên và Oligo dT là gì?
Đoạn mồi ngẫu nhiên là một trình tự oligonucleotide ngắn bao gồm một trình tự ngẫu nhiên. Trong khi đó, mồi oligo dT là một sợi ngắn bao gồm 12 đến 18 deoxythymidine. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT. Trình tự của mồi ngẫu nhiên là 5´ - d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T hoặc C. Trong khi đó, trình tự của mồi oligo dT là 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´. Do đó, chúng ta có thể coi đây là một sự khác biệt khác giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT.
Hơn nữa, các đoạn mồi ngẫu nhiên không thể hiện tính đặc hiệu của khuôn mẫu và chúng được ủ với bất kỳ loài ARN nào, trong khi đoạn mồi oligo dT cho thấy tính đặc hiệu đối với đuôi poly (A) của mRNA sinh vật nhân chuẩn.
Infographic dưới đây tóm tắt sự khác biệt giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT.
Tóm tắt - Random Primers vs Oligo dT
Mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT là hai loại mồi được sử dụng trong quá trình tổng hợp cDNA. Mồi ngẫu nhiên bao gồm hỗn hợp các oligonucleotide, đại diện cho tất cả các trình tự hexamer có thể có, trong khi mồi oligo dT là một chuỗi đơn gồm 12 đến 18 deoxythymidine. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT. Bên cạnh đó, các đoạn mồi oligo dT hữu ích cho quá trình phiên mã ngược chiều dài đầy đủ của ARN có đuôi poly (A), trong khi các đoạn mồi ngẫu nhiên hữu ích cho quá trình phiên mã ngược của hầu hết các loài ARN, bao gồm ARN bị thoái hóa, ARN thiếu đuôi poly (A) và ARN chứa cấu trúc thứ cấp. Do đó, mồi ngẫu nhiên không thể hiện tính đặc hiệu của khuôn mẫu trong khi mồi oligo dT cho thấy tính đặc hiệu đối với mRNA của sinh vật nhân chuẩn có chứa đuôi poly (A).
