Sự khác biệt chính - Probe vs Primer
Đầu dò phân tử là một đoạn DNA hoặc RNA nhỏ nhận biết các trình tự bổ sung trong DNA hoặc RNA và cho phép xác định trình tự đích. Mồi là một đoạn DNA hoặc RNA nhỏ, dùng làm điểm khởi đầu cho quá trình tổng hợp DNA. Các đoạn mồi và mẫu dò lai với các nucleotide bổ sung của DNA khuôn mẫu hoặc DNA mục tiêu. Tuy nhiên, điểm khác biệt chính giữa đầu dò và mồi là mồi cần thiết để sao chép DNA trong khi đầu dò cần thiết để phát hiện các trình tự cụ thể trong DNA mẫu.
Probe là gì?
Probe là một đoạn DNA hoặc RNA nhỏ được sử dụng để phát hiện DNA hoặc RNA mục tiêu trong mẫu bằng cách lai phân tử. Chúng còn được gọi là chỉ thị phân tử. Chiều dài của mẫu dò có thể thay đổi (100 đến 1000 bazơ), và các nucleotit của mẫu dò là bổ sung cho một phần của trình tự đích. Để dễ phát hiện, các đầu dò được dán nhãn bằng đồng vị phóng xạ hoặc bằng thuốc nhuộm huỳnh quang hoặc kháng thể. Các đầu dò liên kết với các bazơ bổ sung của trình tự đích và tiết lộ sự hiện diện của ADN hoặc ARN đích trong mẫu. Có hai phương pháp ghi nhãn đầu dò chính: ghi nhãn kết thúc và dịch nick. Các đầu dò được phân loại thành các loại khác nhau bao gồm đầu dò DNA, đầu dò RNA, đầu dò cDNa và đầu dò oligonucleotide tổng hợp, và chúng được điều chế bằng các kỹ thuật khác nhau.
Đầu dò là công cụ quan trọng trong nhiều lĩnh vực vi sinh vật và phân tử như virus học, bệnh lý pháp y, xét nghiệm quan hệ cha con, lấy dấu vân tay DNA, phát hiện bệnh di truyền, RFLP, di truyền tế bào phân tử, lai tại chỗ, v.v.
Hình 01: Đầu dò được dán nhãn huỳnh quang được sử dụng trong FISH để phát hiện mầm bệnh
Primer là gì?
Primer là một đoạn DNA hoặc RNA ngắn đóng vai trò là chất khởi động cho quá trình tổng hợp DNA. Enzyme DNA polymerase thêm nucleotide vào nhóm 3’OH của trình tự mồi và tổng hợp sợi mới bổ sung cho DNA khuôn mẫu. Mồi là những đoạn rất ngắn có độ dài từ 18 đến 20 nucleotide. Chúng được tổng hợp hóa học trong phòng thí nghiệm để khuếch đại DNA trong ống nghiệm (PCR). Các đoạn mồi có thể có bất kỳ trình tự nucleotide nào vì chúng được thiết kế bởi người sử dụng. Chúng được tổng hợp để phù hợp với các bazơ bổ sung của DNA khuôn mẫu. Do đó, nó có thể có bất kỳ trình tự nucleotide nào. Các đoạn mồi có tầm quan trọng hàng đầu đối với quá trình sao chép DNA vì DNA polymerase không thể tổng hợp DNA mới nếu không có một đoạn DNA tồn tại trước đó. Khi thiết kế mồi cho PCR, cần xem xét những điều sau:
- Các đoạn mồi phải chứa các nucleotide bổ sung cho đầu bên của DNA muốn khuếch đại.
- Sơn lót phải có nhiệt độ nóng chảy từ 55 - 650C
- Hàm lượng G và C phải từ 50 đến 60%.
Hai đoạn mồi được sử dụng trong PCR theo chiều thuận và nghịch để sao chép cả hai sợi của DNA mẫu. Mồi thường được sử dụng để thực hiện PCR và giải trình tự DNA.
Hình 02: Ủ mồi trong PCR
Sự khác biệt giữa Probe và Primer là gì?
Probe vs Primer |
|
| Probe là một đoạn DNA / RNA nhỏ được sử dụng để phát hiện sự hiện diện của trình tự đích trong mẫu bằng cách lai phân tử. | Primer là một đoạn DNA hoặc RNA nhỏ đóng vai trò là điểm khởi đầu cho quá trình sao chép DNA. |
| Chức năng | |
| Điều này phát hiện sự hiện diện của một trình tự cụ thể trong mẫu DNA hoặc RNA. | Đây là điểm khởi đầu cho quá trình tổng hợp DNA. |
| Chiều dài | |
| Chiều dài có thể nằm trong khoảng 100 - 1000 đế | Chiều dài nói chung là khoảng 18-20 căn |
| Ràng buộc với Trình tự bổ sung | |
| Probe lai với các cơ sở bổ sung của chuỗi mục tiêu | Ủ mồi với các bazơ bổ sung của chuỗi DNA. |
| Nhãn | |
| Đầu dò được gắn nhãn để dễ phát hiện | Sơn lót thường không được dán nhãn |
| Sử dụng trong PCR | |
| Đầu dò không được sử dụng trong PCR | Mồi được sử dụng trong PCR |
Tóm tắt - Probe vs Primer
Probe là một đoạn nhỏ của trình tự DNA hoặc RNA có thể được lai với các nucleotide bổ sung để phát hiện trình tự đích trong mẫu. Các đầu dò được đánh dấu phóng xạ, miễn dịch hoặc huỳnh quang để xem sự hiện diện của trình tự đích. Mồi là một đoạn DNA hoặc RNA rất nhỏ đóng vai trò là điểm khởi đầu cho quá trình khuếch đại DNA trong ống nghiệm. DNA polymerase xác định mồi nhóm 3’OH và bắt đầu xây dựng sợi mới bổ sung cho khuôn mẫu. Mẫu dò và đoạn mồi hoạt động tương tự nhau bằng cách lai với các nucleotide bổ sung. Do đó, sự khác biệt chính giữa đầu dò và mồi là chức năng chính của chúng.
