Sự khác biệt chính giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong căn chỉnh trình tự là sự giống nhau là sự giống nhau (sự giống nhau) giữa hai chuỗi so sánh trong khi danh tính là số ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau.
Tin sinh học là một lĩnh vực khoa học liên ngành chủ yếu liên quan đến sinh học phân tử và di truyền học, khoa học máy tính, toán học và thống kê. Sắp xếp trình tự là một thuật ngữ chính trong tin sinh học. Đây là quy trình trong đó trình tự DNA, RNA hoặc protein được sắp xếp để xác định các vùng tương đồng là hệ quả của mối quan hệ chức năng, cấu trúc hoặc tiến hóa giữa các trình tự. Vào cuối việc căn chỉnh, chúng sẽ được trình bày dưới dạng các hàng trong ma trận. Để căn chỉnh các ký tự giống nhau bằng các màu liên tiếp, các khoảng trống được chèn sẽ xuất hiện giữa các phần dư.
Tương tự là gì?
Tương tự trong căn chỉnh trình tự là sự giống nhau giữa hai trình tự khi so sánh. Thực tế này phụ thuộc vào nhận dạng của các trình tự. Sự giống nhau mô tả mức độ căn chỉnh của các phần dư. Do đó, các chuỗi tương tự chứa các thuộc tính tương tự. Trong tin sinh học, sự giống nhau là một công cụ để đánh giá sự giống nhau giữa hai loại protein.
Hình 01: Sự giống nhau trong Căn chỉnh trình tự
Có hai bước chính để căn chỉnh trình tự. Bước đầu tiên là căn chỉnh theo cặp, giúp tìm ra sự liên kết tối ưu giữa hai chuỗi (bao gồm cả khoảng trống) bằng cách sử dụng các thuật toán như BLAST, FastA và LALIGN. Thuật toán đối sánh tìm số lượng thao tác chỉnh sửa tối thiểu; in-dels và thay thế để căn chỉnh một trình tự này với trình tự khác. Sau khi căn chỉnh theo cặp, cần có được hai thông số định lượng từ mỗi phép so sánh theo cặp. Chúng là bản sắc và sự giống nhau.
Danh tính là gì?
Nhận dạng trong căn chỉnh chuỗi là số ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau. Do đó, khoảng cách không được tính khi đánh giá danh tính. Phép đo được coi là có quan hệ với chuỗi ngắn hơn trong số hai chuỗi. Nó ngụ ý đáng kể rằng nó có tác dụng khi nhận dạng trình tự không có tính bắc cầu. Nếu X=Y và Y=Z, thì X không nhất thiết phải bằng Z. Điều này được suy ra theo thước đo khoảng cách nhận dạng.
Hình 02: Nhận dạng trong Căn chỉnh Trình tự
Ví dụ, X có một trình tự AAGGCTT, Y có một trình tự AAGGC và Z có một trình tự AAGGCAT. Nhận dạng giữa X và Y là 100% {5 nucleotit giống nhau / phút [length (X), length (Y)]}. Sự đồng nhất giữa Y và Z cũng là 100%. Nhưng độ đồng nhất giữa X và Z chỉ là 85% {(6 nucleotide giống nhau / 7)}.
Sự giống nhau giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong Căn chỉnh trình tự là gì?
- Tương tự và đồng nhất là hai thuật ngữ chúng tôi sử dụng để căn chỉnh trình tự.
- Ngoài ra, chúng đề cập đến sự giống nhau giữa hai chuỗi.
- Hơn nữa, chúng tôi biểu thị chúng dưới dạng giá trị phần trăm.
Sự khác biệt giữa Sự giống nhau và Đồng nhất trong Căn chỉnh Trình tự là gì?
Sự giống nhau trong căn chỉnh cho biết sự giống nhau giữa hai chuỗi khi được so sánh trong khi sự đồng nhất trong căn chỉnh trình tự cho biết số lượng ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau. Do đó, đây là điểm khác biệt chính giữa sự giống nhau và đồng nhất trong việc căn chỉnh trình tự.
Tóm tắt - Sự giống nhau so với Sự đồng nhất trong Căn chỉnh Trình tự
Căn chỉnh trình tự giúp xác định các vùng tương đồng trong DNA, RNA hoặc protein do mối quan hệ chức năng, cấu trúc hoặc tiến hóa giữa các trình tự. Do đó, sự giống nhau và đồng nhất là hai thuật ngữ quan trọng trong bối cảnh liên kết trình tự. Sự khác biệt chính giữa hai thuật ngữ này là sự giống nhau là sự giống nhau giữa hai chuỗi khi so sánh trong khi danh tính là số ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau. Vì vậy, đây là tóm tắt về sự khác biệt giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong việc liên kết trình tự.
