Sự khác biệt chính giữa CDS và ORF là CDS là trình tự nucleotide thực tế của gen dịch chuyển thành protein trong khi ORF là một đoạn chuỗi DNA bắt đầu với vị trí bắt đầu dịch mã (start codon) và kết thúc bằng một trang web kết thúc dịch thuật (dừng codon).
Một gen có trình tự mã hóa (CDS). Nó bao gồm tổng số exon của gen và một codon bắt đầu và một codon dừng. Nó là phần thực tế của gen dịch mã và tạo ra protein. Khung đọc mở hay ORF là một trình tự nucleotide nằm giữa codon bắt đầu và codon dừng. Không có codon dừng bên trong ORF làm gián đoạn mã di truyền dịch mã thành protein. Ở sinh vật nhân sơ, CDS và ORF của một gen giống nhau.
CDS là gì?
CDS hay trình tự mã hóa là một phần của gen thực sự chuyển hóa thành protein. Nó bao gồm các exon và hai codon được gọi là codon AUG và codon dừng. CDS không chứa hai vùng chưa được dịch: 5’UTR và 3” UTR. Hơn nữa, phần giới thiệu không có trong CDS.
Hình 01: Trình tự mã hóa
Khi so sánh với toàn bộ bộ gen của một cá nhân, trình tự mã hóa chỉ là một phần nhỏ. Trình tự mã hóa bao gồm trình tự nucleotide cần thiết để tạo nên trình tự axit amin của protein. Do đó, CDS là các exon tập trung có thể được chia thành các bộ ba nucleotide hoặc các codon. Codon tạo ra các axit amin.
ORF là gì?
Khung đọc mở hay ORF là sự kéo dài liên tục của trình tự nucleotide bắt đầu bằng codon bắt đầu và kết thúc bằng codon dừng. Nói một cách đơn giản, ORF dùng để chỉ vùng của trình tự nucleotide nằm giữa codon bắt đầu và dừng. Ở giữa, không có codon dừng làm gián đoạn ORF. Trình tự nucleotide giữa codon bắt đầu và dừng mã hóa cho các axit amin. Nói chung, codon bắt đầu là ATG trong khi codon dừng là TAG, TAA và TGA. ORF tạo ra một protein chức năng khi được phiên mã và dịch mã. Do đó, ORF bao gồm một codon bắt đầu, một số codon ở vùng giữa và một codon dừng. Điều thú vị là ORF có độ dài có thể chia cho ba.
Hình 02: Mở Khung Đọc
Ở sinh vật nhân sơ, vì không có intron nên ORF là trình tự mã hóa của gen phiên mã trực tiếp thành mRNA. Do đó, CDS và PRF giống nhau ở sinh vật nhân sơ. Khi tìm kiếm gen ở sinh vật nhân sơ, ta dễ dàng phát hiện ORF và tìm được gen ở sinh vật nhân sơ. Ở sinh vật nhân chuẩn, vì có intron nên ORF là trình tự codon hình thành sau quá trình xử lý hoặc nối RNA. ORF là một phần bằng chứng hỗ trợ dự đoán gen miễn là ORF có khả năng là một phần của gen.
Điểm giống nhau giữa CDS và ORF là gì?
- Ở sinh vật nhân sơ, CDS và ORF giống nhau.
- Cả hai đều có codon bắt đầu và codon dừng.
- Chúng có một số nucleotide có thể chia cho ba.
- Sau khi dịch mã, chúng tạo ra trình tự axit amin.
Sự khác biệt giữa CDS và ORF là gì?
CDS là phần thực tế của gen dịch chuyển thành protein trong khi ORF là đoạn DNA giữa codon bắt đầu và codon dừng. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa CDS và ORF. Hơn nữa, CDS không chứa các intron, nhưng ORF có thể chứa các intron. CDS phiên mã đầy đủ thành một chuỗi mRNA hoàn chỉnh trong khi ORF có thể là một phần của chuỗi mRNA. Vì vậy, đây là một sự khác biệt khác giữa CDS và ORF.
Infographic dưới đây lập bảng song song sự khác biệt giữa CDS và ORF.
Tóm tắt - CDS vs ORF
CDS và ORF là hai phần quan trọng của gen. CDS đề cập đến vùng thực tế của DNA dịch chuyển thành protein. ORF là một chuỗi DNA bắt đầu bằng codon bắt đầu “ATG” và kết thúc bằng bất kỳ mã nào trong ba mã kết thúc (TAA, TAG hoặc TGA). ORF có thể là một phần của mRNA hoàn chỉnh của gen. Tuy nhiên, trình tự mã hóa của một gen phiên mã để hoàn thành trình tự mRNA. Tất cả CDS đều là ORF. Nhưng không phải tất cả ORF đều là CDS. Do đó, điều này tóm tắt sự khác biệt giữa CDS và ORF.
