Sự khác biệt chính giữa giải trình tự súng bắn theo cấp bậc và toàn bộ bộ gen là trong giải trình tự súng bắn phân cấp, bộ gen được chia thành các đoạn lớn hơn trước khi giải trình tự trong khi, trong giải trình tự toàn bộ bộ gen, toàn bộ bộ gen được chia thành các đoạn nhỏ để giải trình tự.
Giải trình tự là một kỹ thuật quan trọng trong các quá trình phân tử, đặc biệt là trong việc xác định chính xác các loài. Trên thực tế, nó là kỹ thuật xác định thứ tự chính xác của các nucleotide trong một gen hoặc một bộ gen. Có nhiều kỹ thuật để giải trình tự. Một số trong số này bao gồm Phương pháp Maxam Gilbert, Phương pháp Sanger và phương pháp Sanger tự động.
Trình tự Shotgun phân cấp là gì?
Giải trình tự Shotgun phân cấp là một phương pháp giải trình tự. Nó còn được gọi là ‘trình tự từ trên xuống’. Hơn nữa, phương pháp này bao gồm hai bước: bước đầu tiên là khuếch đại bộ gen và bước thứ hai là phân mảnh bộ gen. Trong phương pháp này, trước tiên, bộ gen được cắt thành các đoạn lớn. Tiếp theo là nhân bản các đoạn lớn này thành các vật chủ khác nhau bằng cách sử dụng vectơ hoặc nhiễm sắc thể nhân tạo. Sau đó, các vectơ tái tổ hợp này được sắp xếp thành một thư viện. Trong quá trình giải trình tự bằng shotgun, các dòng vectơ tái tổ hợp trải qua trình tự riêng lẻ. Các mảnh trong dòng vô tính trải qua quá trình tiêu hóa hạn chế để giảm thêm kích thước của bộ gen, do đó được giải trình tự.
Hình 01: Trình tự Shotgun phân cấp
Trong trình tự phân cấp súng ngắn, các khối lớn mảnh vỡ phải được sắp xếp theo thứ tự, trước khi sắp xếp theo trình tự súng ngắn. Nó diễn ra với sự hỗ trợ của các chỉ thị phân tử được tích hợp trong quá trình nhân bản.
Sắp xếp trình tự theo thứ tự của shotgun tạo ra một bản đồ gen có độ phân giải thấp. Nhưng nó tạo ra một bản đồ trình tự có thứ tự. Do đó, nó mất nhiều thời gian hơn so với giải trình tự trực tiếp. Toàn bộ quá trình bị trì hoãn do việc tạo thư viện vectơ tái tổ hợp. Phải chăng nó cũng là một kỹ thuật tốn nhiều công sức. Tuy nhiên, hiện tại, kỹ thuật này đã được tự động hóa để giảm bớt công việc.
Trình tự Shotgun Toàn bộ Genome là gì?
Giải trình tự toàn bộ bộ gen là một quy trình giải trình tự từng bước. Trong quá trình này, toàn bộ bộ gen diễn ra đầu tiên. Sau đó, mỗi mảnh nhỏ này được sắp xếp theo trình tự một cách ngẫu nhiên. Sau khi hoàn thành việc giải trình tự, quá trình phân tích trình tự sẽ diễn ra. Trong quá trình phân tích trình tự, các trình tự chồng chéo được loại bỏ và phân tích không phải là một quy trình có thứ tự. Do đó, việc lắp ráp các trình tự là một quá trình kém hiệu quả hơn so với việc sắp xếp theo trình tự súng ngắn theo cấp bậc. Tuy nhiên, quá trình giải trình tự toàn bộ bộ gen diễn ra nhanh hơn và việc phân tích toàn bộ bộ gen có thể diễn ra tại một trường hợp duy nhất.
Sự tương đồng giữa Trình tự Shotgun theo thứ bậc và Toàn bộ bộ gen là gì?
- Giải trình tự bằng shotgun phân cấp và toàn bộ bộ gen là hai phương pháp giải trình tự.
- Cả hai đều trải qua phương pháp giải trình tự Sanger hoặc giải trình tự Sanger tự động.
- Chúng tham gia vào việc giải trình tự các đoạn DNA và RNA.
- Hơn nữa, cả hai phương pháp đều quan trọng trong chẩn đoán phân tử và mục đích nghiên cứu.
- Hiện tại, cả hai kỹ thuật đều được tự động hóa hoặc dựa trên máy tính.
- Cả hai kỹ thuật đều dựa vào sự phân mảnh của bộ gen.
Sự khác biệt giữa Trình tự Shotgun theo thứ bậc và Toàn bộ Genome là gì?
Giải trình tự shotgun phân cấp tạo ra các đoạn có kích thước lớn hơn so với giải trình tự shotgun toàn bộ gen, hoạt động với các đoạn trình tự nhỏ. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa việc giải trình tự shotgun theo thứ bậc và toàn bộ bộ gen. Bên cạnh đó, trình tự phân cấp súng ngắn bao gồm hai bước chính, trong khi trình tự súng ngắn toàn bộ bộ gen phụ thuộc vào một bước chính.
Hơn nữa, một điểm khác biệt khác giữa giải trình tự súng bắn theo cấp bậc và toàn bộ bộ gen là độ phân giải cao hơn trong giải trình tự súng ngắn toàn bộ bộ gen so với giải trình tự súng bắn phân cấp.
Đồ họa thông tin dưới đây tóm tắt sự khác biệt giữa việc giải trình tự súng bắn theo cấp bậc và toàn bộ bộ gen.
Tóm tắt - Trình tự Shotgun theo thứ bậc vs Toàn bộ Genome
Giải trình tự shotgun phân cấp và toàn bộ bộ gen là hai kỹ thuật để giải trình tự các bộ gen lớn. Trình tự shotgun phân cấp là một quá trình trình tự hai bước trong đó bộ gen được chia thành các đoạn lớn hơn. Ngược lại, giải trình tự shotgun toàn bộ gen là giải trình tự từng bước trong đó bộ gen được chia thành các đoạn nhỏ và được giải trình tự trực tiếp. Do đó, đây là sự khác biệt chính giữa việc giải trình tự shotgun theo thứ bậc và toàn bộ bộ gen. Hơn nữa, các khía cạnh kỹ thuật có thể khác nhau giữa hai kỹ thuật.
