Sự khác biệt chính giữa dNTP và ddNTP là dNTP hoặc deoxyribonucleotide là các khối xây dựng của DNA và có nhóm 3ʹ-OH trên cấu trúc đường pentose trong khi ddNTP hoặc dideoxynucleoside triphosphat là nucleotide thiếu nhóm 3ʹ-OH và chúng được sử dụng trong kỹ thuật giải trình tự DNA Sanger dideoxy để tạo ra các chuỗi DNA có độ dài khác nhau.
dNTP và ddNTP là các nucleotide. dNTP đề cập đến các nucleotide deoxyribose. Chúng là các khối xây dựng của DNA. dNTPs được sử dụng để tổng hợp DNA. Mặt khác, dNTP đề cập đến dideoxynucleoside triphosphat. Chúng được sử dụng trong giải trình tự Sanger để kết thúc quá trình tổng hợp DNA ở các độ dài khác nhau. Chúng thiếu nhóm OH ở vị trí 3ʹ. Một hiđro có ở vị trí 3ʹ thay vì nhóm OH. Do đó, các ddNTP không có khả năng tạo liên kết phosphodiester với nucleotide tiếp theo. dNTP có khả năng thực hiện quá trình tổng hợp DNA, trong khi ddNTP có khả năng kết thúc quá trình trùng hợp DNA.
dNTP là gì?
dNTP là viết tắt của deoxyribose nucleotide hoặc deoxyribonucleotide. Nó là khối xây dựng của DNA. Có bốn loại dNTP. Đó là dATP, dTTP, dCTP và dGTP. Chúng được đặt tên theo các gốc nitơ purine hoặc pyrimidine: Adenine (A), Guanine (G), Thymine (T) và Cytosine (C).
Hình 01: dNTP
Adenine và guanine là bazơ purine trong khi thymine và cytosine là bazơ pyrimidine. Đường pentose của dNTP là deoxyribose. Ngoài ra còn có một nhóm phốt phát. Do đó, dNTP được cấu tạo bởi ba thành phần: một bazơ nitơ, đường deoxyribose và một nhóm photphat. Các dNTP này kết hợp với nhau thông qua liên kết phosphodiester. Trong các dNTP, có một nhóm OH gắn vào vị trí 3ʹ của đường pentose, cần thiết để tạo liên kết với nhóm photphat gắn vào cacbon 5ʹ của đường của nucleotide tiếp theo. Vì tất cả các dNTP đều có nhóm 3ʹ -OH này nên chúng có khả năng tổng hợp và kéo dài sợi DNA. Do đó, dNTP đóng vai trò là đơn vị lặp lại cơ bản của DNA và vật chất hóa học của gen. Quá trình tổng hợp DNA luôn tiến hành từ 5ʹ đến 3ʹ.
DdNTP là gì?
Giải trình tự Sanger là một phương pháp giải trình tự DNA thế hệ đầu tiên được phát triển bởi Frederick Sanger và các trường đại học của ông vào năm 1977. Nó còn được gọi là Giải trình tự kết thúc chuỗi hoặc giải trình tự Dideoxy vì nguyên tắc cơ bản của phương pháp này là kết thúc chuỗi bằng cách sử dụng dideoxynucleoside triphosphates (ddNTPs). ddNTPs là các nucleotide được sử dụng trong giải trình tự Sanger. Giải trình tự Sanger dựa trên sự kết hợp có chọn lọc các ddNTP và kết thúc quá trình tổng hợp DNA trong quá trình sao chép DNA trong ống nghiệm. Điểm đặc biệt của các ddNTP là chúng thiếu nhóm 3ʹ-OH trên đường pentose để tiếp tục hình thành liên kết phosphodiester giữa nhóm phosphate 5ʹ trong nucleotide liền kề. Do đó, một khi ddNTP được gắn vào sợi kéo dài, quá trình kéo dài chuỗi chấm dứt và chấm dứt từ thời điểm đó. ddNTPs hoạt động như chất ức chế kéo dài chuỗi của DNA polymerase trong phương pháp giải trình tự Sanger.
Hình 02: ddNTP
Có bốn ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP và ddTTP được sử dụng trong giải trình tự Sanger. Những nucleotide này ngăn quá trình sao chép DNA khi chúng được kết hợp vào chuỗi DNA đang phát triển. Kết quả là, giải trình tự Sanger tạo ra các đoạn DNA ngắn dài khác nhau. Điện di trên gel mao dẫn được sử dụng để sắp xếp các sợi DNA ngắn này theo kích thước của chúng trên gel. ddNTP được đánh dấu phóng xạ hoặc huỳnh quang với các màu khác nhau để dễ dàng phân tích trình tự DNA. Bằng cách phân tích gel, có thể xác định trình tự nucleotide của sợi DNA chưa biết.
Điểm giống nhau giữa dNTP và DdNTP là gì?
- Cả dNTP và ddNTP đều được sử dụng trong giải trình tự Sanger.
- Có bốn loại dNTP và ddNTP.
- Chúng bao gồm ba thành phần: bazơ nitơ, đường deoxyribose và các nhóm photphat.
Sự khác biệt giữa dNTP và DdNTP là gì?
dNTP là một trong bốn loại deoxyribonucleotide là khối cấu tạo của DNA. ddNTP là một trong bốn loại dideoxyribonucleoside triphosphat được sử dụng trong kỹ thuật giải trình tự Sanger. dNTP có nhóm 3ʹ-OH trên đường pentoza trong khi ddNTP thiếu nhóm 3-OH trên đường pentoza. Do đó, đây là điểm khác biệt chính giữa dNTP và ddNTP. Hơn nữa, các dNTP thực hiện quá trình trùng hợp DNA trong khi các ddNTP chấm dứt quá trình trùng hợp DNA. Do đó, đây là một điểm khác biệt chính giữa dNTP và ddNTP.
Đồ họa thông tin dưới đây liệt kê sự khác biệt giữa dNTP và ddNTP ở dạng bảng.
Tổng hợp - dNTP vs DdNTP
Các dNTP bình thường là các khối cấu tạo của DNA trong khi ddNTP là các nucleotide được sử dụng trong kỹ thuật giải trình tự Sanger. dNTP có 3ʹ-OH trong khi ddNTP thiếu 3ʹ-OH. Do đó, đây là điểm khác biệt chính giữa dNTP và ddNTP. Hơn nữa, dNTP có thể tổng hợp một sợi DNA trong khi ddNTP có thể chấm dứt quá trình trùng hợp DNA. Do đó, ddNTPs được sử dụng trong giải trình tự Sanger để tạo ra các sợi DNA khác nhau với độ dài khác nhau. Trong quá trình giải trình tự Sanger, cả dNTP và ddNTP đều được đưa vào.
